مراسم محرم و عزاداری سرور و سالار شهیدان حسین بن علی (ع) در نایین به سبک خاصی برگزار می‌شود. چند روز قبل از محرم چند نفر از نوجوانان محله دو عدد چوب را که به «چق چقی» معروف است، دست گرفته و به هم زده و این شعر را می‌خوانند: «نذر حسین (ع) و عباس (ع)، یه دوملچو در انداز».
در گذشته به این ترتیب آغاز محرم به اطلاع مردم می‌رسید و هر کس به اندازه توانایی مالی خود کمک‌های خود را از قبیل چای، قند و… برای عزاداری محرم اهدا می‌کرد.
مراسم جوش
در شب پنجم محرم دو علم را که با جامه‌ها و پارچه‌های رنگین زینت داده‌اند به حسینیه آورده و سینه زنان گرد علم جمع شده و به نوحه خوانی می‌پردازند. از شب ششم به بعد در پایان مراسم زنجیرزنی در حسینیه‌ها، عزاداران به دو گروه تقسیم می‌شوند و دایره وار ایستاده و با فریاد یا حسین (ع) بر سر و سینه می‌زنند که این مراسم را «جوش» می‌گویند. پس از پایان گرفتن نوحه‌سرایی، دوازده بند از اشعار محتشم کاشانی از سوی دو نفر هم صدا، در حالی که همگام با یکدیگر از میان عزاداران عبور می‌کنند، خوانده می‌شود.
شب عاشورا و تاسوعای حسینی (ع)
شب تاسوعا مراسم خاصی برپا می‌شود؛ بدین ترتیب که از اوایل شب هفت محله نایین، به ترتیب خاصی دسته‌های عزاداری را به طرف امامزاده سلطان سید علی (ع) روانه می‌کنند. این دسته‌ها از راه بازار قدیم نایین به طرف امامزاده حرکت می‌کنند. ترتیب حرکت دسته‌های عزاداری در محله‌های باب المسجد، کلوان، نوآباد، پنجاهه، سرای نو، چهل دختران و کوی سنگ است. این دسته ها به ترتیب ابتدا روبه‌روی سقاخانه چهل دختران و سپس در امامزاده به عزاداری می‌پردازند.
در این شب کسانی که اوّلین سال درگذشت عزیزانشان است بر سر مزار آن‌ها حاضر شده و با روشن کردن چراغ و خواندن فاتحه و قرآن برای شادی روح عزیزان از دست رفته‌شان دعا و از جای خالی آنان در محرم یاد می‌کنند. که این مراسم در سال های اخیر به بعداز ظهر تغییر زمان داد .
روز تاسوعا دسته های عزاداری هرمحله به طرف محلات دیگر برای عرض تسلیت به افرادی که عزیزانشان را از محرم سال گذشته تاکنون از دست داده‌اند به حرکت در می‌آیند که این مراسم در گذشته “مراسم پرسه” نامیده می شد و به صورت حرکت هیئت های عزاداری به منازل صاحب عزا انجام می شد که بدلیل افزایش جمعیت شهر دیگر مقدور نبوده و به حسینیه ها انتقال یافت. هر صاحب عزا با توجه به اینکه از کدام محله است، در آن محله حاضر شده و مردم برای عرض تسلیت به آنان به حسینیه‌ها می‌روند. ظهر تاسوعا در همه محلات سفره حضرت امام حسین (ع) و حضرت ابوالفضل (ع) برپا می‌شود.
روز عاشورا
در اوایل روز عاشورا مردم به حسینیه‌ها می‌روند. عزاداران دو محله باب المسجد و کلوان به صورت دسته‌های عزاداری به طرف امامزاده سلطان موصلیه(س) و عزاداران ۵ محله نوآباد، پنجاهه، سرای نو، چهل دختران و کوی سنگ به ترتیب به طرف امامزاده سلطان سید علی (ع) به طور منظم به حرکت در می‌آیند و در آنجا به عزاداری و سینه زنی و زنجیرزنی و نوحه خوانی می‌پردازند.
در ظهر روز عاشورا نیز نماز جماعت در امامزاده نایین برگزار و سپس در هر حسینیه سفره امام حسین (ع) برپا می‌شود. مردم در این روز‌ها در حسینیه‌ها حضور فعال دارند و نذورات خود را از قبیل چای، کیک، شیرینی و شربت و… بین عزاداران پخش می‌کنند.
شخصی به یاد حضرت ابوالفضل (ع) در میان دسته‌های عزاداری مشکی پر از آب به دوش می‌کشد و با پای برهنه بین عزاداران به دادن آب می‌پردازد و بدین ترتیب از لب تشنه امام حسین (ع) و یارانش و سقای کربلا در این روز یاد می‌کنند.
مراسم شام غریبان
اوایل شب عزاداران محله کوی سنگ در حالی که دو دسته شده و شمعی به دست گرفته‌اند برای عرض تسلیت به پیشگاه مبارک امام چهارم (ع) به طرف مسجد حضرت سجاد (ع) به حرکت در می‌آیند و در آنجا به عزاداری می‌پردازند. آن‌ها در حالی که دسته‌ای نشسته و بر سر می‌زنند و دسته دیگر بر سینه می‌زنند، می‌خوانند:
چه شده عالم، چه شده عالم، این همه ماتم، مگر امشب شام غریبانست
پسر زهرا (س)، پسر زهرا (س)، تن عریانش، به بیابانست، مگر امشب شام غریبانست
ساعتی پس از این مراسم عزاداران محله کلوان همانند محله کوی سنگ شمع به دست به طرف محلات دیگر نایین حرکت کرده و با خواندن این اشعار به طرف حسینیه‌ها به حرکت در می‌آیند:
امشب به صحرا بی‌کفن، جسم شهیدان است، شام غریبانست
امشب نوای کودکان بر بام کیوان است، شام غریبانست
و بدین ترتیب حسینیه‌ها (باب المسجد، نوآباد، پنجاهه، چهل دختران، کوی سنگ و سرای نو) را طی می‌کنند و در آنجا به عزاداری می‌پردازند و در آخر هم در حسینیه خودشان یعنی کلوان، شام غریبان امام حسین (ع) را به سوگ می‌نشینند.
شب بنی اسد
در شب سیزدهم ماه محرم، که شب «بنی اسد» گفته می‌شود نیز مردم محله چهل دختران در امامزاده سلطان سیدعلی (ع) و اهالی محله کلوان در امامزاده سلطان موصلیه (س) به عزاداری می‌پردازند.
