درباره نام نايين سخنان بسيارگفته‌اند که همگي سست و بي‌اساس‌اند. از جمله اين که گفته‌اند نام نايين از گياهي باتلاقي به نام «ني» برگرفته شده، يا يهودياني که از اورشليم به مشرق زمين کوچانده شدند، اين شهر را به ياد موطن خويش بنا کرده و بدين نام خوانده‌اند و… وليکن آنچه مسلم است عناويني چون «شهر مساجد»، «قصبه طيبه»، «مدينه العرفا» و… که براي نايينبرشمرده شده نشان دهنده اهميت اين شهر در دوره‌هاي مختلف تاريخ بوده است.
