شهرستان نائین شهرستانی است در استان اصفهان مرکز این شهرستان شهر نائین است. در سال ۱۳۲۷ شمسی نائین رسماً شهرستان اعلام شد و بخشداری آن به فرمانداری تبدیل گشت.
شهرستان نائین وسیعترین شهرستان استان اصفهان و یکی از بزرگترین شهرستانهای ایران است. نايين از شهرهاي ايران باستان و يکي از ولايت‌هاي پنج گانه استان (کوره) فارس، يعني پايتخت هخامنشيان بوده است. در زمان گسترش اسلام مردم نايين به اين دين گرويدند.
در قرن پنجم ه.ق نايين مانندساير شهرهاي اصفهان مورد توجه قرار گرفت و در زمان حکومت سلطان محمد خدابنده(الجايتو) و غازان خان در نايين آثار با ارزشي چون مسجد بابا عبدالله، عمارت امامزاده سلطان سيد علي و مناره مسجد جامع اين شهر ساخته شد. در قرن هشتم در جنگلي که ميان ملک اشراف، با امير مبارزالدين در گرفت و به شکست اشراف انجاميد، نايين ومردم آن آسيب فراوان ديدند. در اوايل قرن دهم ه. ق سران آق قويو نلو در حوالي نايين با يکديگر به ستيز برخاستند که از رهگذر اين جدال‌ها، شهر پريشان شد و ويراني بسيارديد. در دورۀ صفويان نايين رونق يافت. دراين دوره، باروي شهر مرمت شد و بناهاي جديدي در آن احداث گشت. در سال 1000ه.ق هنگامي که اصفهان به پايتختي ايران برگزيده شد نايين که در زماني تابع يزد بود، در محدوده اداري اصفهان جاي گرفت. از وقايع مهم دوران صفويه در نايين دعواي نعتي و حيدري بود که اين اختلاف‌ها در عصر مشروطيت همادامه يافت. با سقوط اصفهان به دست افغان‌ها (در سال 135 ه.ق) شهر نايين که بر سررا ه سربازان مهاجم قرارداشت، بسيار آسيب ديد ولي بر اثر مقاومت مردم نايين، شهربه دست افغان‌ها نيافتاد، در اين زمان گروهي از سادات طباطبايي ساکن اصفهان و زواره به نايين کوچ نمود و در دورۀ قاجار نايين مورد بي‌مهري پادشاهان وقت قرار گرفت. در اين دوره نايين سخت آشفته و نا امن گشت زيرا دراين زمان نايين يا صحنه جنگ شيخي‌ها و«بالاسري» ها و يا ميدان نزاع‌هاي حيدري و نعتي بود که در دوره صفويان در تمام شهرهاي ايران آغاز گشته و دامن زده مي‌شد و همچنين محل تاخت و تاز ياغياني همچون نايب حسين کاشي بود. از نايين مردان بزرگ و نامداري برخاسته که هريک در علوم وفنون مختلف جايگاهي بس بلند يافته‌اند و از اين رهگذر نايين بخصوص در تاريخ يکصدساله اخير ايران نقش بسيار زيادي داشته است. از اين رو همواره براي اين منطقه منزلتي بيش از يک شهرستان معمولي قائل بوده‌اند چنانچه بر اثر خاندان پيرنيا حتي درقانون اساسي پس از مشروطه اين شهر ر ا از شرط حد نساب نفوس براي بر خوداري نماينده‌اي مستقل در مجلس شوراي ملي معاف کرده بودند. يکي از فرزندان بزرگ اين سرزمين دکتر حسين فاطمي است که در نهضت ملي شدن نفت تا آخرين نفس پايمردي کرد و به دکتر مصدق وفادار ماند و جان و سر را در راه آزادي خواهي فدا کرد .
