تاریخ بنای اولیه شهرنایین به دوران قبل ازاسلام بازمی گردد. صحت این مدعا راعلاوه برنوشته های مورخین و جغرافیا نویسان قدیم، گویش محلی خاص مردم نایین تقویت می کند. این گویش هنوز نیز متداول و مرسوم است. مولف کتاب مسا لک و ممالک فارس را ایالت قدیمی ایران و محل تشکیلات دولت هخامنشی ذکر ﻣﻲکند که دوره ساسانیان و پس از اسلام به پنج ولایت یا استان تقسیم می شده است. که هر قسمت(کوره)نامیده می شد در دوره های ساسانی و پس ازاستقرار اسلام، شهرنایین جزء یکی از این کوره ها به شمار می آ مد. بیشتر پژوهشگرانی که درباره نایین بررسی و تحقیق کرده اند به آبادی و آبادانی آن در ادوار قبل از اسلام اشاره کرده اند . اما در مقدمه کتاب(تذکره سخنروان نائین) شهر نایین شهرکی کاروا ن انداز معرفی شده که قافله ها برای استراحت و فراهم ساختن زاد سفر در آن بارمی انداخته اند. ساربانان نیز شتران خودرا درنایین(هنارگیری)می کرده اند. به هرحال، با مراجعه به منابع مختلف ﻣﻲبینیم نایین درقبل ازاسلام مرکز اداری و خدماتی بخشی ازناحیه یزد بود .
بااستقرار اسلام، در بیشتر شهرهای ایران و ورود این آیین به نایین، شهر نایین موقعیت خود را همچون گذشته حفظ کرد. یکی از نویسندگانی که درقرن چهارم هجری کتاب خود راتألیف کرده است نائین را شهری آباد و پرجمعیت ذکر می کند.
در قرن پنجم هجری ،شهر نایین مانند دیگر شهرهای نز دیک به اصفهان مورد توجه قرار گرفت. در نیمه اول این قرن ناصر خسرو، درسفرمشهورش از نائین عبور کرد و به این شهر اشاره نمود او در سفرنامه اش درباره اوضاع اجتماعی نایین مطلب تازه ای ارائه نکر ده است. به همانگونه که یاقوت حموی نیز تنهابه نقل قولی از اصطخرای اکتفا کر ده است.
در دوران مغول، با روی کارآمدن ایلخانان و حکومت غازان و سلطان((محمد اولجایتو))که پس از تشرف به دین اسلا م به لقب ((خدا بنده )) ملقب شد در نایین نیزتحولاتی به وقوع پیوست. دردوران حکومت این دو ایلخان که با وزارت خواجه رشیدالد ین فضل الله همدانی مقارن است اصلاحات اساسی در اکثر شهرهای ایران به وجود آمد. در این دوران آثار مهم و با ارزشی مانند مسجد بابا عبدالله، عمارت امامزاده سلطان سیدعلی و مناره مسجدجامع در نایین ساخته شد .
در نیمه اول قرن هشتم هجری، ملک اشرف پس از شکست از شیخ ابو اسحاق اینجو در شیراز و فراربه یزد، بیشتر آبادی ها و شهرها ی یزد را خراب کرد و به نایین رسید .
درجنگی که در سال 744 هجری درنایین بین او و امیر مبارزالد ین از امرای آل مظفر به وقوع پیوست ملک اشرف شکست خورد. این جنگ باعث خرابی نایین شد و خلقی عظیم کشته شدند.
دراواخر قرن هشتم هجری، در روزگاری که امیر تیمور خود را برای حمله به شهرهای مرکزی ایران آماده می کرد باردیگر نایین گرفتار درگیری شاه منصور و شاه یحیی مظفری شد، توضیح اینکه در سال793 بین این دو برادرجنگی درگرفت که بیشتر روستاها و قصبات بین اصفهان و یزد و کرمان تخریب شدند .نایین نیز آسیب فراوان دید.
در قرن نهم نیز جنگ و کشتارهائی بین خاندان های آق قو یوفلو و قراقریونلو بوقوع پیوست . نایین بر سر راه شهرهای مهم، مورد نزاع واقع شده بود بنا براین در این درگیری نیز از آسیب و تخریب ها در امان نماند. اما در همین سالها ،دولتشاه سمرقندی در تذکره ای که به نام خود اوست ودرسال892 هجری تالیف کرده ((نا یین را قصبه ای خوش آب و هوا معرفی می کند که بعضی محصولات آن بی نظیر است )).
دراوائل قرن دهم ،بار دیگر جنگی عظیم بین سران اق قویونلو به وقو ع پیوست .محل این نبرد نیز حوالی نا یین بود.به نوشته کتاب احسن التواریخ این جنگ باعث شد تا محمد میرزا آق قویونلو بر فارس استیلا یابد . در دوران حکو مت ترکمانان اق قویونلو ونیزیان از نا یین عبور کردند اما گزارش سفر آنها نکته مهمی از اوضاع نایین رابه دست نمی دهد . بطور کلی از حمله مغول تا ظهور دو لت صفوی، فرامانروا یان مختلفی از ترک و تاتار و ترکمن و سایر نژادها و ملیت ها، در نقاط مختلف ایران به قدرت رسیدند . به طوری که هر قسمت از کشورما دردست خانواده یا طایفه ای بود.
در دوران حکمرانی ایلخانان نایین از اصلاحات و تحولی که در بسیاری از شهرهای ایران آغاز شده بود بی بهر ه نماند. رونق اقتصادی دوره مغول نایین را که در کنار شاه راه خلیج فارس و ری و سلطانیه قرار گرفته بود به صورت شهری پرجمعیت و آباد دراورد .در این زمان و بخصوص درعصر حکومت غازان و سلطان محمد اولجایتو و وزارت خواجه رشیدالدین فضل الله در نائین آثار با ارزشی ساخته شد. برخی از این آثار در عداد بناهای کم نظیر به شمار می روند و نمایانگر پیشرفت معماری اسلامی ایرانی آن عصر می باشند.این رونق و پیشرفت نسبی علاوه بر آن که باعث احداث مساجد و بناهای متعددی گردید اقوام و خانواده های مختلفی را نیز از دیگر شهرهای ایران به نایین سرازیر کرد. از جمله این اقوام، عده ای از امیرزادگان و امراء مغول بودند که به همراه خانواده ها و اقوام و ملازمین خود به نایین آمدند و دراین شهر و روستاها و قصبات اطراف آن ساکن شدند.
